Energietransfer bei erzwungener Interkalation. Neue Hochleistungssonden für die in vitro und in vivo Echtzeit-Nucleinsäure-Detektion
Projektbeschreibung
Der Einbau eines Fluorophors als künstliche Base in Nucleinsäuremoleküle eröffnet die Möglichkeit, DNA oder DNA-Analoga mit neuen Funktionen auszustatten. In diesem Projekt werden Intercalator-Fluorophore an Positionen verankert, an welche diese normalerweise nicht binden würden. Durch diesen Modus der erzwungenen Interkalation erwirbt eine Sonde einen zusätzlichen Mechanismus zur Unterscheidung zwischen matched von single mismatched DNA. So kann der Fluorophor selbst die Integrität von Basenpaarungen erfassen. Für praktische Anwendungen liefert die Hybridisierung bisher verfügbarer basendiskriminierender Sonden zu geringe Fluoreszenzanstiege. In diesem Projekt werden neue künstliche Cyaninbasen in PNA entwickelt. Es ist das Ziel, Energie-Transfer-Prozesse ausgehend von und zwischen mehreren erzwungen interkalierten Cyaninen auszulösen. Hauptansatzpunkt ist es, Cyaninen in nicht gebundenen Sonden zusätzliche Löschkanäle zu verschaffen, um so die Ansprechempfindlichkeit der Sonden gegenüber matched Hybridisierung zu erhöhen. Zusätzlich werden Konstrukte hergestellt, bei denen die Gegenwart eines Basenfehlpaars zur Bildung von asymmetrischen Cyanindimeren führt. Die Methoden sollen neben Anwendungen in der qPCR vor allem die Detektion von viraler RNA in lebenden Zellen ermöglichen.
Projektleitung
Mittelgeber
DFG Sachbeihilfe
Laufzeit
Projektstart: 12/2007
Projektende: 05/2012
