Theoretische Untersuchungen zur Konformations- und Funktionsbeeinflussung von Proteinen und Oligonucleotiden durch geladene Teilchen


Die Wechselwirkung von metallischen Ionen oder geladenen Molekülgruppen mit Proteinen, Oligonucleotiden und Sehchromophoren verursacht starke Strukturänderungen. Dadurch kann die Funktionalität wesentlich beeinflusst werden. Das Ziel des Projekts besteht darin, die verantwortlichen Mechanismen für solche strukturellen Veränderungen zu ermitteln. Theoretische Untersuchungen der Bindungsverhältnisse, die durch Anwesenheit von metallischen Ionen oder geladenen Teilchen entstehen, sollen Auskunft über Veränderungen der Konformationen liefern, die durch spezifische Bindungsbrüche oder -formierungen die Funktionalität stark beeinflussen können. Dies ist durch Bestimmung der Energie-Struktur Beziehungen in geeigneten Domainen der Proteine und Oligonucleotide möglich, die mittels ab initio quantenchemischer Methoden ermittelt werden sollen. Anschließend sind Molekular-dynamische (MD) Untersuchungen zur Konformationsänderung notwendig. Die Zuverlässigkeit der Ergebnisse ist - mittels gewonnener Informationen aus ab initio Berechnungen - durch Reparametrisierung der semiempirischen MD Methoden (Kraftfelder) zu sichern.


Principal Investigators
Bonacic-Koutecky, Vlasta Prof. i. R. Dr. rer. nat. (Details) (Physical and Theoretical Chemistry I)

Duration of Project
Start date: 03/2002
End date: 02/2007

Research Areas
conformational changes, prion protein, oligonucleotids

Publications
E. Franzini, L. De Gioia, P. Fantucci, G. Zampella and V. Bonacic--Koutecky:

''DFT investigation of the copper binding site in the octarepeat domain of the prion protein'', Inorg. Chem. Comm., 6, 650 (2003).

Last updated on 2020-10-03 at 16:40